經過眾多養豬場反復試驗總結，終末生物安全程序（空欄消毒）在豬舍清空后進行，包括對養豬場設備進行清掃和消毒，這是一個權威性的規模化養豬場消毒程序，目標就是清除豬舍存在的病原體和防止病原體的攜帶者進入養殖區，確保每一批豬都有一個經過有效消毒的、衛生的初始環境。
規模化豬場在國家大力支持環境下，如雨后春筍般涌現出來。但很多養豬戶不了解“養豬生物安全”，以至于養豬場一旦出現問題只注重治療，只注重體內病原菌，而不對環境病原菌采取任何措施，對于集約化養殖的規模化豬場，常導致環境病原菌變異增多，不斷地侵入體內造成感染，造成報廢性的豬場損失。經過之前的經驗教訓，養豬戶開始逐步的理解和執行終末生物安全程序（空欄消毒）。
作為西南地區領先的規模化養豬場設備生產廠家，四川萬春機械提醒我們的設備客戶注意以下與規模化養豬設備密切相關的終末生物安全程序的幾個步驟：
清除豬舍內所有的污物、糞便、飼料未、胎衣等垃圾。這些垃圾含有大量的污染物，是主要的傳染源。大量的污物也將會降低消毒劑的消毒作用與效果，在沖洗之前務必清掃干凈，然后沖洗。(也可先用消毒液噴灑地面后，再徹底清掃，以免打掃時病原體飛揚)
- 清空豬舍：豬只移出后，拆卸料槽、保溫箱、豬圈隔離物、工具和其他需要移動的及可以移動的養殖設備。
- 清除污染物：清除糞便、飼料未、污垢等，確保豬舍內盡可能的清潔。
- 沖洗：清掃完后，用水沖洗豬舍（特別是產房內的漏縫地板、保溫箱）、用具、設備等，從盡可能高的位置開始，一直到最低層或漏縫地板下，用高壓水沖洗干凈。尤其要注意拐角、保溫箱、料槽、飲水器、裂縫和其他污垢沉積的地方。如果有必要，需要擦洗，確保清潔，保證和提高消毒效果。這些養豬設備需晾干后搬回豬舍。
- 消毒前清潔處理：晾干后的豬舍和所有養豬場設備都應該清洗，特別是產房和保育舍，清除沉積的污垢和進一步清潔各種設備，對于規模化養豬場，這點尤為重要。
- 浸泡：用2％火堿清洗。噴射角度為45°（度）角，每平方米噴灑300毫升稀釋液，持續浸泡30分鐘。
- 晾干：晾干后等待消毒。
2、豬舍和養豬場設備消毒
僅僅用沖洗或簡單消毒劑對規模化養豬場進行空舍消毒是不夠的，病源的含量、尤其是病毒如果仍高到能對下一批豬產生足夠的威脅的話，必須使用廣譜消毒劑，對包括病毒、細菌、真菌和其他病原微生物在內的病源進行全面、徹底的消毒才有效。
給規模化豬場造成巨大危害和經濟損失的幾種常見病毒及引發疾病：
- 藍耳病毒（PRRSV）引起的呼吸道與繁殖綜合征（PRRS）。
- 豬瘟病毒（HCV）引起的各種癥狀的豬瘟。
- 圓環病毒（PCV-2）引起的子豬斷奶衰竭綜合征（PMWS）、皮炎腎病綜合征（PDNS）。
- 口蹄疫病毒（FMDV）引起的口蹄疫病。
消毒藥物的選用：目前除傳統使用的消毒藥外，新型高效消毒藥大量面市，在選用消毒藥時應本著高效、經濟和人畜無害的原則，應在動物防疫監督部門指導下，最好使用國家指定專用消毒藥。
使用消毒劑，參照消毒劑生產廠家提供的稀釋比例和用量用法噴灑。
- 噴霧從天棚、墻壁、圈欄、門窗、飼料槽、地面、用具及門口地面均勻噴灑，直到完全浸潤豬舍地表面。
- 尤其要注意拐角、裂縫和破碎的地方。還要注意清理可滲透的表面，比如木頭表面和水泥表面。
- 特別注意保溫箱、漏縫地板及漏縫地板下面要噴灑到消毒液，確保徹底、全面的消毒效果。
- 飲水器、食槽用消毒液洗刷一次。
- 自然晾干之后，進豬。
- 噴霧和空氣消毒
以上養豬場設備和豬舍消毒方法程序，需嚴格執行，才能保證規模化養豬場盡可能少發生感染性疾病或疫情。
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